敕封班臣额尔德尼之印
乾隆御笔《写寿娑罗树并赞》
旧垂花门
第九世班禅额尔德尼在西黄寺做法事
“以史为鉴，可知兴替，以人为鉴，可明得失。西黄寺正是这样一本活的历史教科书。360多年来，它记载了一代又一代藏传佛教领袖爱国爱教的行迹，印证了中央政府与西藏地方紧密的主权关系，经历了帝国主义对中国的侵略，也见证了新中国从百废待兴到繁荣富强的历程。”
在中华大地上，无数的历史遗存记载着中国的文化史诗，无数的历史人物延续着中国的民族精神。在这些历史地点上，曾发生过许多事关民族的故事；在这些历史人物中，有许多人曾为民族团结尽心尽智。“地理故事”将在古迹中徘徊，找寻那尘封在历史记忆中的故事——
西黄寺位于北京安定门外，始建于1651年（清顺治八年），是在辽萧太后燕京行宫的基础上建造而成的，距今已有360余年的历史。鸦片战争以来，历经战乱，现今的西黄寺仅存过去的清静化城塔院部分，其余部分早已毁于战火。新中国成立后，塔院经数次修缮，已基本恢复原貌，当前为中国藏语系高级佛学院所在地。站在西黄寺红墙黄瓦之间，仍然可以感受到当年的庄严肃穆、恢弘气势。巍峨的佛塔前，森森古柏迎风起舞，仿佛在讲述曾经的沧桑巨变。
敕建西黄寺，中央政府开始册封达赖喇嘛、班禅额尔德尼
1644年，清军入关，顺治皇帝即位，即派人入藏邀请西藏地方具有重要影响的藏传佛教格鲁派领袖第五世达赖喇嘛阿旺罗桑嘉措进京。第五世达赖喇嘛接受邀请，于1652年（顺治九年）正月启程，翌年抵达北京。为褒奖第五世达赖喇嘛的爱国行动，清政府特令拨白银9万两在京城之北建黄寺，供第五世达赖喇嘛在京驻锡之用。
第五世达赖喇嘛在进京日记中写道：“在距转轮圣王大都治下语言各异、具有二利的禁城北京有两俱卢舍之遥的地方，皇帝用九万两白银作顺缘，专门建起称为‘黄寺’的精舍作为我的行宫。它有如天神的林苑，围墙环绕着房舍，正中的内室和外室之间没有间隙，色彩上，用了大量金箔，光彩夺目。我于十七日抵达那里。”
第五世达赖喇嘛驻锡西黄寺期间，多次到皇宫内朝觐顺治皇帝，报告西藏地方政教大事。顺治皇帝也多次为第五世达赖喇嘛在宫中赐宴。顺治十年（1653年）三月，第五世达赖喇嘛奏请启程返藏；四月，清政府正式册封第五世达赖喇嘛为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，这也是中央政府第一次册封达赖喇嘛。康熙五十二年（1713年），康熙皇帝援“照封五世达赖之例”，特派钦差至扎什伦布寺封第五世班禅额尔德尼罗桑意希为“班禅额尔德尼”，并赐金册金印。自此，历世达赖喇嘛、班禅额尔德尼必经中央政府册封成为历史定制。
乾隆十六年（1751年），清政府废除西藏郡王制，建立噶厦地方政府。据乾隆朝内府抄本《理藩院则例》记载，达赖喇嘛、班禅额尔德尼轮流贡班进贡的贡使要在农历十二月初八念吉祥经前到达北京，住地正是西黄寺。在农历新年前第一次进贡方物，称“年贡”，主要进贡哈达、铜佛、舍利子、珊瑚、琥珀、数珠、藏香、氆氇等物；一般在农历新年的第二天第二次进贡方物，称“庆祝礼”， 主要进贡五色帕、银满达、七珍、八宝、八吉祥、佛像、金字经、银塔、红花诸物。贡使回藏时均奉旨慰问达赖喇嘛、班禅额尔德尼，清政府也向达赖喇嘛、班禅额尔德尼赏赐物品。达赖喇嘛、班禅额尔德尼的贡使一般由敕封的呼图克图或有敕封职衔、名号的活佛、高僧担任，不仅代表达赖喇嘛、班禅额尔德尼以及西藏地方政府向清政府朝贡，更重要的是清中央政府要通过贡使向西藏地方政府下达指令，加强对西藏地方的管理。
君臣情深，第六世班禅额尔德尼与乾隆皇帝的故事
作为达赖喇嘛和班禅额尔德尼入京朝觐的驻锡地，西黄寺接待过一批批入京朝贡的使臣。因此，藏传佛教界一些领袖人物及著名高僧大德都与西黄寺有着密切的关系，西黄寺曾几度成为驻京掌印扎萨克喇嘛处理北京藏传佛教事务的中心。
1780年，适逢乾隆皇帝70寿辰。在这一年的庆典中，最特别的当属第六世班禅额尔德尼的到来。如果说顺治年间第五世达赖喇嘛进京是“实以敦请”，那么第六世班禅额尔德尼这次朝觐则属“不因招致”，因而非同寻常。此时的第六世班禅额尔德尼正是年幼的第八世达赖喇嘛的老师，是西藏地方政权的主要领袖，他坚定地拥护被他尊称为“文殊大皇帝”的乾隆皇帝及清中央政权。
1775年，图谋侵略西藏的英国东印度公司及英国军队提出与西藏签订通商等条约，第六世班禅额尔德尼明确而坚决地反对，鲜明地表态说，“西藏是中国的领土”，所有军政事务必须得到“大皇帝”的指示。他有力地回击了侵略者的图谋，因而备受乾隆皇帝赞赏。所以，对于第六世班禅额尔德尼的朝觐，每一个细节，乾隆皇帝都安排得极其隆重。早在乾隆四十四年（1779年）十一月第六世班禅额尔德尼到来之前，清廷蛮仪卫便将他所乘轿、车辆以及雨具、衣帽等送交西黄寺查收，还令西黄寺、东黄寺、雍和宫、弘仁寺、嵩祝寺等十几所藏传佛教寺院增修仪仗，为迎接第六世班禅额尔德尼做了周详的预备。
为了给乾隆皇帝祝寿，乾隆四十四年六月，第六世班禅额尔德尼率领三大堪布及高僧百余人，从日喀则扎什伦布寺启程，历时一年，于乾隆四十五年（1780年）七月到达承德避暑山庄。在承德期间，乾隆向第六世班禅额尔德尼颁敕了金册、金印，金印用汉、满、藏3种文字镌刻 “敕封班臣额尔德尼之印”。“禅”、“臣”之别，强调了西藏地方和清朝中央政权的隶属关系。
第六世班禅额尔德尼在承德为乾隆皇帝祝寿活动结束后，于乾隆四十五年（1780年）九月抵京并驻锡西黄寺。为迎接第六世班禅额尔德尼到京，乾隆皇帝在专为皇帝举行登基大典的保和殿为第六世班禅额尔德尼和三世章嘉赐宴，以示隆重，并敕谕：“今班禅额尔德尼莅临此地，使佛法兴旺，政治昌盛，众生安居乐业。若受佛加持，教法兴隆使黄帽僧与一切信徒诵经，会有祥兆。”
宴毕，第六世班禅额尔德尼奉旨在西黄寺用金汁开始抄写《薄伽梵佛母白伞盖佛母修念法成就甘露宝瓶》，并在经书扉页作题记：“爰成此经利益众生，时於神都之黄寺佛楼中，恍然如到帝释天宫，曷胜庆幸！恭祝我大皇帝万寿无疆。”呈献给乾隆皇帝作为贺礼。通过这段题记，也可以从宗教的角度分析出第六世班禅额尔德尼为乾隆皇帝祝寿的一个深层次原因。在《大乘本生心地观经》中，佛陀提出佛弟子当报四重深恩，包括父母恩、众生恩、国王恩、三宝恩。因为山河大地尽大海际属于国王，就好比世间一切堂殿，柱为根本；人民丰乐，王为根本；国王以正法教化众生，八大恐怖不入其国，因而可以利益人民，所以佛弟子应当敬辅仁王，把仁王当佛一样尊重。第六世班禅额尔德尼深谙佛理，他对乾隆皇帝的敬重无疑是依佛教诲报国王恩的体现。
白伞盖仪轨经
九月二十六日，乾隆皇帝亲临西黄寺，第六世班禅额尔德尼出寺迎接，乾隆赏赐第六世班禅额尔德尼许多贵重礼物，并在西黄寺内与第六世班禅额尔德尼一起用膳。此后，乾隆和第六世班禅额尔德尼多次往来于皇宫和西黄寺之间。后第六世班禅额尔德尼在京不幸感染天花，病重期间，乾隆皇帝数次探视。十月二十九日，乾隆皇帝亲临西黄寺探视，遣御医诊视，命章嘉国师守护，并命皇六子加倍注意第六世班禅额尔德尼的病情和饮食情况。十一月初一，第六世班禅额尔德尼发高烧，乾隆皇帝亲自到西黄寺赐送貂皮大氅、皮褥等物，作《祈寿长椿图》和《写寿娑罗树并赞》诗赐予第六世班禅额尔德尼，为其祈寿。
十一月初二下午，第六世班禅额尔德尼于西黄寺内圆寂。乾隆皇帝闻讯后痛哭流涕，并为之辍朝一日，以示哀悼。乾隆皇帝还亲临凭吊，处理一切善后事宜，并于西黄寺西侧敕建清净化城塔及清净化城塔院。由于塔是为第六世班禅额尔德尼而建，故俗称“班禅塔”或“六世班禅塔”，塔内珍藏第六世班禅额尔德尼衣冠经咒和乾隆皇帝的赐物等，以志胜因。
乾隆四十七年（1782年）十一月，塔院建成，乾隆亲笔御书《清净化城塔记》，以纪念第六世班禅额尔德尼的无量功德。乾隆御书《清净化城塔记》碑、《写寿班禅额尔德尼圣僧并赞》诗碑（碑内刻《祈寿长椿图》和《写寿班禅额尔德尼圣僧并赞》诗），作为历史文物，至今依然完好地保存于西黄寺清净化城塔院东、西碑亭内。
据史料统计，第六世班禅额尔德尼在西黄寺驻锡的两个月中，共在西黄寺授戒、灌顶、讲经、摩顶及参加法会20余次，接待僧俗信徒万余人次。在其法体百日供养中，前来西黄寺致祭、献供者更是不可胜数。
迷途知返，第十三世达赖喇嘛倾心中央政府
光绪三十年（1904年），英帝国主义分子再次发动侵略我国西南边疆的战争，并攻入拉萨，第十三世达赖喇嘛被迫出走。1908年8月，第十三世达赖喇嘛进京朝觐，随员堪布、兵弁共260人在西黄寺驻锡。第十三世达赖喇嘛入京后的当天，即蒙受皇帝厚赏，并在颐和园仁寿殿陛见光绪和慈禧。光绪皇帝在中南海紫光阁赐宴招待第十三世达赖喇嘛一行，席间，第十三世达赖喇嘛向皇帝面陈藏事，禀称，现在有外道国家存心不良，妄想攫夺西藏土地，“为了西藏的政教和臣民，应帮助西藏进行抵抗外道国家的侵犯，保全西藏。显密二宗教律，为满、汉、蒙、藏四族人民所信奉，保教即安民护国，此为历代大皇帝所奉行不移之大政。请皇帝和皇太后仍旧贯彻前辈皇帝之仁政”。
第十三世达赖喇嘛在京期间，除参加陛见活动外，还在西黄寺接待各国使节和政要人物的来访。一时间，西黄寺门庭若市，各国使节频繁往来，各种佛事活动在此举办，大批各族佛教信徒来此朝拜。
1908年10月，光绪和慈禧先后驾崩。第十三世达赖喇嘛带领堪布喇嘛等进内廷叩谒光绪和慈禧梓宫唪经超度亡灵，并在雍和宫供设5种供养，发放布施，在西黄寺举行回向法会致祭光绪和慈禧。
十一月，宣统皇帝即位，第十三世达赖喇嘛又呈请朝贺，率徒众举行祈祷、赞颂之礼。十一月初十，第十三世达赖喇嘛奏请离京，得到清廷允许。在众多文武官员、高级喇嘛以及兵弁、乐队组成的仪仗的欢送下，第十三世达赖喇嘛由西黄寺起行，前往车站，离京向大行辕进发。第二天，他又接受了清政府送来的慰问品，并接见了从拉萨专程赶来迎接他的伦钦强巴·阿旺贝桑一行。
在八国联军入侵北京之后、帝国主义列强觊觎中国的动荡年代，第十三世达赖喇嘛在西黄寺驻锡近3个月，共84天。他倾心中央政府，呼吁救藏，继承和发扬了藏传佛教的爱国传统。古刹西黄寺在中华民族的艰难历史时期，再次见证了中华民族是一家这一历史事实。
1933年12月17日，第十三世达赖喇嘛于格桑颇章圆寂，南京国民政府追赠“护国弘化普慈圆觉大师”，在南京举行了隆重的追悼大会，并派专使赴藏致祭。西黄寺僧众为其集体诵经49日，以昭纪念。
第十三世达赖主政西藏地方事务30多年，在风云变幻的中国政治风浪中，走了一条复杂曲折的道路，但他最终迷途知返，在晚年与中央政府建立起密切的政治联系。
爱国爱教，第九世班禅额尔德尼捍卫祖国领土
民国时期，藏传佛教另一位领袖第九世班禅额尔德尼也与西黄寺有着不解的渊源。
1905年，英国侵略军进入扎什伦布寺，挟持并强迫第九世班禅额尔德尼赴印度会晤英国王子乔治。为保全后藏和扎什伦布寺，第九世班禅额尔德尼以 “决不丧权辱国，慈悲为怀”为宗旨前往印度。在会见英王子时，侵略军头目鄂康诺竟狂妄地要求第九世班禅额尔德尼行跪拜礼，当即遭到第九世班禅额尔德尼的断然拒绝：“我只在大皇帝前跪拜，其余不行。”英国人的阴谋未能得逞。
由于外国势力的入侵和对西藏事务的插手，造成西藏地方政府内部矛盾加深，西藏局势动荡。1923年11月，第九世班禅额尔德尼·却吉尼玛带领少数随从出走，北上寻求祖国内地的支持。1925年2月20日到达北京，受到国民政府代表和西黄寺、东黄寺、雍和宫僧众的热烈欢迎。1927年，第九世班禅额尔德尼在福佑寺设立了“班禅额尔德尼驻平办事处”，由于西黄寺与第六世班禅额尔德尼的特殊因缘，第九世班禅额尔德尼开始组织修葺西黄寺清净化城塔院，并于1928年竣工。此后，清净化城塔院一直由班禅额尔德尼驻京办事处派人管理。
南京国民政府成立后，第九世班禅额尔德尼于1931年5月到南京参加国民会议，在新亚细亚学会发表题为《西藏是中国的领土》的讲演。同年7月1 日，国民政府授予第九世班禅额尔德尼“护国宣化广慧大师”法号，并在国府大礼堂举行了受职典礼，于右任代主席向第九世班禅额尔德尼授印并致词。“九·一八”事变爆发后，第九世班禅额尔德尼通电全国，声讨日本帝国主义对我国的侵略。
西黄寺重兴，成为民族宗教政策的宣传基地
新中国成立后，1954年，第十世班禅额尔德尼·确吉坚赞出席第一届全国人民代表大会期间，亲临西黄寺朝拜清净化城塔，并生起重兴西黄寺、筹建藏语系佛学院的愿望。1987年9月1日，在党和政府的重视、关怀下，中国藏语系高级佛学院在西黄寺的清静化城塔院正式创立，第十世班禅额尔德尼亲任第一任院长，完成了藏传佛教从寺院教育到学院教育的历史突破。
今天的西黄寺塔院已修复一新，原毁于战火的慧香阁也依照历史原貌得到复建，并在塔院的后身新建了藏式风格的办公教学楼。为感谢党和政府对藏传佛教的关怀，这座现代化的教学校被命名为“阳光楼”，象征着藏传佛教和藏民族文化在党的阳光下传承和发展。今天的西黄寺已经成为藏传佛教代表人士的培养基地、佛学理论的研究基地、民族宗教政策的宣传基地、国际友好的交流基地。
从2004年起，西黄寺每年都会举行盛大的辩经法会，并在辩经法会结束后授予11名藏传佛教高僧藏传佛教最高学衔“拓然巴”高级学衔，目前已经有来自5个教派的77名高僧获得了这一学衔。他们回到藏族聚居区后，用自己的学识和影响力，为民族团结和藏族聚居区跨越式发展贡献着积极的力量。
西黄寺的历史像一幅辉煌的历史长卷，真实地记述了藏传佛教界领袖人物爱国爱教、护国利民的不朽精神；西黄寺的历史，又像一尊历经沧桑的石碑，它把中华各民族维护祖国统一、维护民族团结的坚强意志和美好心愿永远地镌刻在大地上，让我们世世代代传承铭记。